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主要为害叶鞘,也可为害茎秆,严重时引起果穗受害。发病初期多在基部1~2茎节叶鞘上产生暗绿色水渍状病斑,后扩展融合成不规则形或云纹状大病斑。病斑中部灰褐色,边缘深褐色,由下向上蔓延扩展。穗苞叶染病也产生同样的云纹状斑。果穗染病后秃顶,籽粒细扁或变褐腐烂。严重时根茎基部组织变为灰白色,次生根黄褐色或腐烂。多雨、高湿持续时间长时,病部长出稠密的白色菌丝体,菌丝进一步聚集成多个菌丝团,形成小菌核。
玉米纹枯病严重时导致穗腐。